Indonesia y Portugal restablecieron sus relaciones diplomáticas después que el primero concluyera su dominio sobre Timor Leste. Lisboa rompió relaciones diplomáticas con Yakarta en 1975, tras la ocupación indonesia de la antigua colonia portuguesa. El proceso de normalización de los vínculos se inició en septiembre de 1998 bajo la mediación de la Organización de Naciones Unidas (ONU).