Los orígenes de la Institución están unidas a la constitución, en 1961, del Instituto Nacional de Deportes, Educación Física y Recreación (INDER), organismo deportivo cubano que creó la Escuela Superior de Educación Física «Comandante Manuel Fajardo» (ESEF) para formar los profesores de nivel medio necesarios para la conducción de la enseñanza de la Educación Física y los deportes en todo el país. Como Centro de Educación Superior funciona desde 1973. El nombre que honrosamente lleva el centro, esta dedicado a la memoria del Comandante Manuel (Pity) Fajardo Rivero (1930-60), quien en vida fuera un atleta destacado en la práctica del voleibol. Esta institución está responsabilizada con la formación y superación de profesores en las ramas del deporte, la educación física y la Recreación en correspondencia con los objetivos establecidos por el Sistema Cubano de Cultura Física y Deportes. El ISCF y su Red de centros en todo el país abarcan un total de 14 Facultades y un claustro integrado por 43 Doctores en Ciencias, mas de 300 Master y 1200 profesores que ostentan la categoría docente de Titulares, Auxiliares, Asistentes e Instructores. Actualmente se preparan más de tres mil estudiantes, nacionales y extranjeros, en los distintos tipos de cursos.
